- проведення спостережень за станом компонентів морської екосистеми (вода, донні відклади та біота) і за основними природними і антропогенними факторами впливу;
- створення та ведення баз даних екологічної інформації і банку даних;
- науковий аналіз даних з метою оцінки, діагнозу і прогнозу стану морських екосистем та розроблення науково обґрунтованих рекомендацій для прийняття управлінських рішень;
- створення та ведення інтерактивних картографічних систем з використанням сучасних геоінформаційних технологій;
- дослідження особливостей розвитку біоценозів в зв’язку зі змінами середовища під впливом антропогенного тиску.
Іншими важливими напрямками роботи УкрНЦЕМ є:
- розроблення ОВНС об’єктів морегосподарського комплексу; виконання еколого-експертних оцінок та екологічного аудиту об‘єктів морегосподарського комплексу та інших промислових об’єктів у прибережній смузі моря, а також еколого-експертних оцінок стану природних морських і берегових водних об’єктів.
- оцінка екологічного ризику виробничої діяльності на морський акваторії, а також здійснення моделювання процесів розповсюдження в морському середовищі нафтового забруднення при аварійних розливах;
Основу структури УкрНЦЕМ складають наукові підрозділи (відділи, атестовані лабораторії, сектори) та оперативний виробничий підрозділ – База експедиційного флоту, який включає технологічно об’єднані – науково-дослідний флот та мореплавську інфраструктуру (причально-складський комплекс та інші служби).
У 1993 році УкрНЦЕМ було надано статус Активного (міжнародного) Центру моніторингу та оцінки забруднення Чорного моря. Цей статус УкрНЦЕМ був підтверджений в рамках «Стратегічного плану дій…»(1996 р.) і міжнародної програми ВSIMAP (Black SeaEnvironmental Integrated Monitoring and Assessment Programme).
Великий досвід в проведенні морських і екологічних досліджень, наукові матеріали, одержані в більш ніж 400 експедиціях в Світовому океані, високий науковий потенціал і сучасне обладнання дозволяють Українському науковому центру екології моря залишатись лідером в вирішенні природоохоронних проблем і активним учасником багатьох актуальних міжнародних програм і проектів.
У 2014 році УкрНЦЕМ отримав статус Асоційованого учасника в межах програми Міжнародного обміну океанографічними даними та інформацією (МООДІ) Міжурядової океанографічної комісії (МОК) при ЮНЕСКО. З 2016 року УкрНЦЕМ є вузлом програми Океанської біогеографічної інформаційної системи (ОBIS – МООДІ – МОК/ЮНЕСКО). З 2019 року УкрНЦЕМ визнано Національним центром обміну даних програми (НЦОД) МООДІ Міжурядової океанографічної комісії (МОК) при ЮНЕСКО.
Ми готові до співпраці з вітчизняними і закордонними партнерами.