Головним суб’єктом моніторингу морів України є УкрНЦЕМ, який забезпечує весь необхідний комплекс спостережень та аналізів.
Програма створена відповідно до Порядку здійснення державного моніторингу вод, затвердженого Постановою Кабінету Міністрів України від 19 вересня 2018 р. № 758 в межах реалізації Морської природоохоронної стратегії України, що схвалена розпорядженням Кабінету Міністрів України від 11 жовтня 2021 р. № 1240-р.