1. Адміністративно-управлінський апарат
– Заступник директора з науки
2. Юрисконсульт 1-ої категорії
7. Адміністративно-господарчий відділ
НАУКОВІ ПІДРОЗДІЛИ
8. Відділ наукових основ морського природокористування та управління станом навколишнього середовища
БАЗА ФЛОТУ
15. Береговий підрозділ
16. Науково дослідні судна: