Структура НДУ “Український науковий центр екології моря”

     – Директор

     – Заступник директора з науки

     – Заступник директора з флоту – начальник Бази флоту

     – Заступник директора з господарської діяльності – начальник господарчого відділу

     – Учений секретар

      – cектор оцінки впливу на навколишнє середовище, екологічної експертизи та аудиту

     – сектор гідрофізичних досліджень

     – cектор дистанційних методів дослідження і математичного моделювання стану морського довкілля

     – сектор гідробіологічних досліджень

     – сектор біологічних методів оцінки якості морських вод

     – сектор охорони морських біоценозів

     – лабораторія морських хребетних тварин

     – Сектор інформаційно-аналітичної підтримки та зв`язків з громадськістю

     – НДС “Владимир Паршин”

     – НДС “Борис Александров”